人知れず幻のポケモンであるミュウの遺伝子から創られたポケモン、ミュウツー。すさまじい戦闘力と高すぎるほどの知能に恵まれたミュウツーは、自らのアイデンティティを確立できずに苦悩する。ある日人間の支配下からミュウツーは完全に逃れるのだが……。
いっぽう、ポケモンマスターを目指してタケシ、カスミとともに旅を続けるサトシ。そんな一行の前に招待状を携えたカイリューが舞い降りる。招待状はポケモン城からのもので、城主が優秀なポケモントレーナーを招いているそうだった。もちろん二つ返事で招待に応じたサトシ達。だがそれは恐ろしくも哀しい事件の始まりだった……。
特に留意すべき人のみ書いてあります。